按照《客运场站和交通运输工具新冠肺炎疫情分区分级防控指南》（第七版），低风险区公交场站、车辆每日必须进行1次彻底地消毒。延平虽然属于低风险区，但是针对当前全省严峻的疫情防控形式，南平公交升级了常态化疫情防控措施，每日对场站、车辆进行不少于2次消毒，首末站候车厅、车厢持续保持通风。
驾驶员在运营期间要全程佩戴口罩，并引导、督促乘客规范佩戴口罩，口罩佩戴率达到100%。加强高铁公交首末站防控，对进站乘客进行体温测量、落实“三码联查”、保持“一米线”排队乘车；设立了应急区，如发现乘客体温异常和健康码非绿码，立即将人员引导至应急区留观，并第一时间上报。延平站还增派一名队长在现场维持秩序，盯紧盯牢各项疫情防控措施的落实。
公司成立疫情防控巡查组，由分管领导带队，每周对线路、场站进行疫情防控巡查。
可接种疫苗的人员第三针疫苗接种率达99.8%，按照每7天25％的比例进行核酸检测，确保员工和乘客安全出行。
